Najważniejszym rodem, którego losy ściśle związane są z historią tych ziem, jest ród Zamojskich, wywodzący się od Floriana Szarego, który po bitwie pod Płowcami (1331 r.) otrzymał od króla Władysława Łokietka herb Jelita. Około 1443 r. potomek Floriana – Tomasz z Łaźnina – kupił Wierzbę i Zamość (teraz Stary Zamość) od Andrzeja Piwy z Opulska. W XV w. Zamoyscy dokupili jedynie wójtostwo w Chomęciskach i objęli zastaw na dwóch innych.
Latyfundium Zamoyskich zostało zbudowane przede wszystkim w XVI w. dzięki działalności Feliksa, Wacława, Stanisława i Jana (tego ostatniego jako starosty bełskiego). Punktem wyjścia był majątek składający się ze wsi: Skokówka, Żdanów, Kalinowice i połowy Pniowa. Stary Zamość,Wierzba i Piaski należały w tym czasie do innej gałęzi rodu. Mając te trzy (i pół) wsi, kanclerz i hetman wielki koronny Jan Zamoyski (1542-1605) powiększał sukcesywnie majątek, aż przekształcił go w magnacką fortunę scementowaną statutem o powołaniu Ordynacji. Latyfundium urosło głównie na obszarze ziemi chełmskiej (wołość sulmicka, szczebrzeska i turobińska), lubelskiej (wołość gorajska) i przemyskiej (wołość krzeszowska i zamechska). Na obszarze ziemi bełskiej poszerzono je o: kupione od Marcinowskich w 1579 r. Rogoźno, Łosiniec i część Wieprzowego Jeziora; kupione w 1581 r. od Piotra Janiowskiego wsie Janiowice, Kulików, Powałka i części w Stabrowie i Szopinie (z przeznaczeniem m.in. na lokację Zamościa); nabyte od krewnych w latach 1590-1592 stare gniazdo rodowe Zamość (Stary Zamość), Wierzbę i Piaski (te ostatnie w ziemi chełmskiej).
Lokowane w 1580 r., miasto Zamość leżało już na obszarze ziemi chełmskiej. Rozwijało się ono niezwykle dynamicznie (w 1630 r. miało 612 domów i ok. 4000 mieszkańców). Równie trafną lokacją okazał się, założony w 1590 r., Tomaszów (Jelitowo). Zamoyscy starali się także o zagęszczenie sieci osadniczej. Już w 1579 r., na gruntach świeżo nabytego Rogoźna, zaczęli osiedlać wieś Szarowola. Niebawem powstały Wólka Łosiniecka, Maziły, Pasieki i Huta Szarowolska.
Powołanie Ordynacji Zamojskiej było największym sukcesem Jana Zamoyskiego i umożliwiło utrwalenie większej części jego majątku na ponad 350 lat (dopiero reforma rolna w 1944 r. przyniosła kres jej istnienia). Należy tu wspomnieć że Ordynacja (zatwierdzona statutem sejmowym), stanowiła majątek niepodzielny i niezbywalny, który dziedziczyli członkowie rodu w ustalonej kolejności (zazwyczaj był to pierworodny syn), z wyłączeniem kobiet. Jedynie twórca Ordynacji mógł w każdej chwili zmienić powierzchnię należącego do niej majątku, natomiast prawa tego nie mieli spadkobiercy. W tym celu – każdorazowo – musieli zabiegać o odpowiednią uchwałę sejmową.
Ordynacja Zamojska została zatwierdzona przez sejm w 1589 r., jej centrum stał się Zamość. Tutejsi osadnicy zostali zwolnieni na 20 lat od wszelkich danin. W szybkim tempie zaczęły powstawać wsie i miasta. Osadnictwo skupiało się głównie w dolinach rzek, tworząc często długie, prawie nieprzerwane ciągi. Przykładem może tu być łańcuch wsi od Klemensowa do Zwierzyńca, biegnący wzdłuż biegu Wieprza. Dobre warunki rolnicze gwarantowały duże plony zbóż, zajmowano się również hodowlą bydła i pszczelarstwem. We wsiach kwitło także rzemiosło tkackie i sukiennicze. Ważną rolę odgrywały wody rzek płynących przez teren Ordynacji – Wieprza, Tanwi, Sopotu, Łady i Topornicy. Napędzały one liczne młyny, folusze i tartaki, a także ulokowane nad ich brzegami huty (metali i szklą), kuźnice, papiernie.
W 1605 r, gdy umiera Jan Zamoyski, mija siedemnaście lat od momentu zatwierdzenia Ordynacji przez sejm. W tym czasie liczyła ona już 149 wsi i 6 miast (Zamość, Tarnogród, Szczebrzeszyn, Turobin, Goraj i Kraśnik), zajmując obszar 3838 km2. Zamoyski miał jeszcze majątki od Ukrainy po Żuławy, ogółem jego dobra zajmowały obszar 6445 km2. W następnych latach Ordynacja była sukcesywnie powiększana, tuż przed zaborami obejmowała 221 wsi i 10 miast.
Rozwój Ordynacji nigdy nie oznaczał rabunku przyrody. Już na samym początku jej istnienia utworzono jeden z pierwszych na naszych ziemiach rezerwatów faunistycznych – słynny „zwierzyniec” (stąd pochodzi nazwa miast Zwierzyniec). Dbano o zabytkowe drzewa, a także o najpiękniejsze miejsca. Ochronę nad dobrami leśnymi sprawowała służba leśna z siecią gajówek i leśniczówek.
Ordynaci z rodu Zamoyskich
- 1589-1605 I ordynat, Jan Zamoyski, kanclerz i hetman wielki koronny.
- 1605-1618 Władza nad Ordynacją sprawowana przez opiekunów młodocianego syna Jana – Tomasza.
- 1618-1638 II ordynat, Tomasz Zamoyski, kanclerz wielki koronny, wojewoda podolski, kijowski, starosta generalny krakowski, podkanclerzy.
- 1638-1646 piecza nad Ordynacją sprawowana przez opiekunów młodocianego Jana Sobiepana.
- 1647-1665 III ordynat, Jan Sobiepan Zamoyski, podczaszy koronny, krajczy koronny, wojewoda kijowski, później sandomierski. Zmarł bezpotomnie, na nim skończyła się starsza linia ordynatów.
- 1668-1672 Opiekę nad Ordynacją sprawuje Gryzelda Konstancja z Zamoy-skich księżna Wiśniowiecka, matka króla Michała Korybuta.
- 1673-1676 Władzę nad Ordynacją sprawuje Stanisław Koniecpolski, siostrzeniec III ordynata.
- 1667-1686 IV ordynat, Marcin Zamoyski, podskarbi wielki koronny, kasztelan lwowski, wojewoda bracławski, później lubelski. Zapoczątkował młodszą linię ordynatów.
- 1689-1704 Opieka nad Ordynacją sprawowana przez opiekunów młodego Tomasza Józefa (syna Marcina).
- 1704-1725 V ordynat, Tomasz Józef Zamoyski, pułkownik wojsk koronnych. Zmarł bezpotomnie.
- 1726-1735 VI ordynat, Michał Zdzisław Zamoyski (młodszy syn IV ordynata), łowczy wielki koronny, wojewoda smoleński.
- 1735-1751 VII ordynat, Tomasz Antoni Zamoyski (syn VI ordynata), wojewoda lubelski.
- 1751-1760 Zarząd sprawowany przez opiekunów młodocianego Klemensa.
- 1760-1767 VIII ordynat, Klemens Zamoyski (syn VII ordynata). Zmarł bezpotomnie.
- 1767-1777 IX ordynat, Jan Jakub (syn VI ordynata), wojewoda podolski. Zrezygnował z pełnienia funkcji ordynata na rzecz młodszego brata – Andrzeja.
- 1778-1792 X ordynat, Andrzej Zamoyski.
- 1792-1800 XI ordynat, Aleksander August Zamoyski (syn X ordynata). Zmarł bezpotomnie.
- 1801-1831 XII ordynat, Stanisław Kostka Zamoyski (syn X ordynata), prezes senatu Królestwa Polskiego. Zrezygnował z pełnienia funkcji ordynata na rzecz syna Konstantego.
- 1832-1866 XIII ordynat, Konstanty Zamoyski.
- 1866-1889 XIV ordynat, Tomasz Stanisław Zamoyski (syn XIII ordynata).
- 1890-1939 XV ordynat, Maurycy Zamoyski (wnuk XIV ordynata), znany dyplomata.
- 1939-1944 XVI ordynat, Jan Zamoyski (syn XV ordynata)
- 1944 Rozwiązanie Ordynacji Zamojskiej.